Muhtemelen 1470'te Osmanlı yerleşkesi olan şu anki Midilli’nin Bonova Köyü'nde doğdu. Babası, Vardari Yâkub Ağa, 1462’de Midilli’nin fethine katılmış ve Bonova köyü kendisine tımar olarak verilmişti. Burada yerleşip evlenen Yâkub Ağa'nın İshak, Oruç, Hızır ve İlyas adını verdiği dört oğlu oldu. İyi bir öğrenim gören kardeşler, devrin denizci milletlerinin lisanları olan İtalyanca, İspanyolca, Fransızca ve Rumca'yı öğrenerek yetiştiler. Gençliğinde gemiciliği ve deniz ticaretini çok iyi öğrenen Oruç Reis, cesareti, zekası ve girişimciliği ile kısa zamanda gemi sahibi oldu. Suriye, Mısır, İskenderiye ve Trablusşam’a mal taşıyarak, oradan aldıklarını Anadolu’ya getiriyordu.
Oruç ve İlyas Reisler, bir seferinde Midilli’den Trablusşam’a giderken, Rodos Şövalyeleri'nin büyük savaş gemileriyle karşılaştılar. Çarpışmada İlyas Reis hayatını kaybetti, Oruç Reis esir oldu. Uzun uğraşılardan sonra, buradan kurtuldu. Muhtemelen üç sene esir kalan Oruç Reis, esaretten kurtulduktan sonra, bir süre Memlük Devleti hizmetinde amirallik yaptı. Ünlü sözü olan "yaşama hakkın mücadele gücün kadardır" dedi. En kötü fırtınada veya hapiste dahi mücadele edip hiç umudunu kaybetmedi.